Президент Российской Федерации — Верховный Главнокомандующий Вооруженными силами Российской Федерации — осуществляет руководство обороной страны, Вооруженными силами и другими войсками Российской Федерации в мирное время. По административной линии руководство осуществляется через правительство Российской Федерации и руководителей соответствующих министерств; оперативное — через Генеральный штаб Российской Федерации, который является основным органом стратегического управления Вооруженными силами и другими войсками.
В целях обороны страны, для наиболее полной мобилизации и эффективного использования всех имеющихся сил и средств, централизации руководства всеми государственными органами и ведомствами, в военное время на базе Совета безопасности создается Государственный комитет обороны во главе с президентом Российской Федерации.
Для стратегического руководства Вооруженными силами и другими войсками в военное время создается Ставка Верховного Главнокомандования на базе Совета обороны с опорой на Генеральный штаб.
Органом, координирующим строительство, подготовку, комплектование, применение и всестороннее обеспечение Вооруженных сил и других войск, является Комитет начальников штабов Вооруженных сил и других войск, возглавляемый начальником Генерального штаба Вооруженных сил Российской Федерации.
Основными функциями Комитета начальников штабов являются:
1. Выработка рекомендаций по распределению задач по обороне страны между Вооруженными силами и другими войсками.
2. Организация взаимодействия между Вооруженными силами и другими войсками.
3. Оценка потребностей войск Российской Федерации в личном составе, вооружении, военной технике и материальных средствах в целях сбалансирования их поставок.
4. Согласование вопросов, связанных с организацией управления войсками и органами.
5. Координация мероприятий совместной оперативной и боевой подготовки.
В случае агрессии против России или непосредственной угрозы крупномасштабного нападения, решение о передаче всех полномочий государственной власти Государственному комитету обороны, а военно-стратегического руководства Вооруженными силами и другими войсками Российской Федерации — Ставке Верховного Главнокомандования, принимает президент Российской Федерации. Решение принимается параллельно с объявлением войны агрессору.
Для управления коалиционной группировкой войск (сил) организуют объединенное командование во главе с Главнокомандующим (командующим). Его назначают согласованным решением высших органов государственной власти стран коалиции. В общий состав объединенного командования входят представители вооруженных сил каждого государства.
Основы единого управления всеми силами и средствами, привлекаемыми для нужд обороны, закладываются еще в мирное время. Устанавливаются согласованные границы военных округов, округов внутренних, пограничных и других войск. По вопросам территориальной обороны все войска и вооруженные формирования оперативно подчиняются командующим войсками военных округов (фронтов).